Πύλος ημαθόεις
□ Η εκτεταμένη εφαρμογή συστήματος ξυλοδεσιάς για την ενίσχυση και αντισεισμική προστασία των τοίχων και η χρησιμοποίηση ορθογώνιων πωρόλιθων στις προσόψεις των εξωτερικών τοίχων του Ανακτόρου (Εικ. 2).
□ Η ύπαρξη πολλών αυλών (π.χ. 58, 3, 63, 88,42,47, 92).
□ Το Πρόπυλο (1-2), με ένα μόνον κίονα μεταξύ δυο παραστάδων.
□ Το Λουτρό (43), με τον πήλινο λουτήρα (την ασάμινθο, λέξη Ομηρική που εμφανίζεται και στα κείμενα των πινακίδων της Γραμμικής Β).
□ Το Αποχωρητήριο (53).
□ Ο Φωταγωγός (76).
□ Οι γεμάτες πιθάρια αποθήκες (23, 24, 27, 32, 38, 82,105).
□ Η πιθανή λειτουργία Αίθουσας Συμποσίων (65).
□ Το Εργαστήριο του Λιθοξόου (55).
□ Το μικρό ανακτορικό Ιερό (93), σε άμεση γειτονία με χώρους αποθηκευτικούς και εργαστηριακούς.
□ Τα είδη των αγωγών του αποχετευτικού δικτύου.
□ Τέλος, η παρουσία ζεύγους μεγάλων αρχιτεκτονικών κεράτων καθοσιώσεως (ιερών κεράτων) που θα επέστεφαν κάποιο κτίσμα ή κατασκευή.
Το Μινωικό στοιχείο στην αρχιτεκτονική παράδοση του Εγκλιανού υποδηλώνεται και από την ύπαρξη χαράγματος διπλού πέλεκυ (Κρητικού λατομικού σημείου) σε πώρινο δόμο κάτω από το δάπεδο του Δωματίου 7 του Ανακτόρου, που θα ανήκε σε τοίχο παλαιοτέρου ανακτορικού οικοδομήματος Μινωϊζουσας, ίσως, εμφάνισης.
Το Νοτιοδυτικό Κτήριο, γνωστό και ως Ανάκτορο του Νηλέως, θεωρείται ότι είναι το παλαιότερο στοιχείο του ανακτορικού συγκροτήματος. Φαίνεται ότι κατασκευάσθηκε πριν από την ανέγερση του Κεντρικού Κτηρίου, παρέμεινε, όμως, σε χρήση ολόκληρο τον 13ο αιώνα π.Χ., μέχρι την τελική καταστροφή. Χώροι ιδιαιτέρου ενδιαφέροντος του Κτηρίου είναι ο ευρύχωρος Προθάλαμος (64), με δύο κίονες στην πρόσοψη και ένα τρίτο εσωτερικό, η μεγάλη επίσημη Αίθουσα (65) με τέσσερις ή έξι εσωτερικούς κίονες, η Σκευοθήκη (68) που περιείχε πλήθος μαγειρικών σκευών, το πιθανολογούμενο Λουτρό (78), καθώς και η χωριστή Αποθήκη Οίνου (82) στη βόρεια πλευρά του Κτηρίου.
Το Κεντρικό Κτήριο, διαστάσεων 50 χ 32 μ. περίπου, είναι το μεγαλύτερο του συγκροτήματος και αποτελούσε τη βασιλική κατοικία. Τα διαμερίσματα του έχουν αναπτυχθεί γύρω από την Κεντρική Αυλή (3). Ως κύρια είσοδο έχει το Πρόπυλο (1-2) στη νοτιοανατολική πλευρά, ενώ σημαντική λειτουργία φαίνεται ότι είχε, τουλάχιστον για ένα μεγάλο διάστημα, και ο βορειοανατολικός Πυλώνας 41 (Εικ. 2). Πυρήνας του Κεντρικού Κτηρίου είναι το Μέγαρο (4-6), αποτελούμενο από την Πρό-στυλη Στοά (αίθουσα), τον Πρόδομο και το Κυρίως Μέγαρο ή Αίθουσα του Θρόνου (δόμο). Στο κέντρο του Κυρίως Μεγάρου (6), της επίσημης, δηλαδή, αίθουσας ακροάσεων, σώζεται η μεγάλη πήλινη κυκλική εστία, επιχρισμένη με ζωγραφιστό κονίαμα, η μεγαλύτερη που έχει αποκαλυφθεί έως τώρα σε μέγαρο Μυκηναίου άνακτα. Την εστία πλαισιώνουν λίθινες βάσεις τεσσάρων ξύλινων κιόνων, ενώ στον απέναντι ανατολικό τοίχο φαίνεται η θέση του βασιλικού θρόνου.
Στις τρεις πλευρές του Κεντρικού Κτηρίου, γύρω από το Μέγαρο, υπάρχουν διάδρομοι, δύο κλιμακοστάσια, σκευοθήκες και αποθήκες λαδιού, κοινού και αρωματισμένου (23, 24, 27, 32, 38). Στο υπόλοιπο τμήμα του Κτηρίου αναγνωρίζονται, μεταξύ άλλων, το Δωμάτιο Αναμονής (10) και το Δωμάτιο Λουτρού (43) με μόνιμη πήλινη ασάμινθο (λουτήρα) και πεζούλι με δύο πιθάρια για το νερό, πλήρης δηλαδή εγκατάσταση υγιεινής, αν και φορητοί πήλινοι λουτήρες είναι γνωστοί και από άλλες πέντε Μεσσηνιακές θέσεις. Υπάρχουν, ακόμη, η λεγόμενη Αίθουσα της Βασίλισσας (46), με μικρότερη πήλινη κυκλική εστία στο κέντρο, το Αποχωρητήριο (53) και η Πυργοειδής Κατασκευή ή Φρουραρχείο (55-57), με δικό του κλιμακοστάσιο (54). Σημαντικότατη, τέλος, θέση στην όλη λειτουργία του ανακτορικού συγκροτήματος κατέχει το Αρχείο (7-8), όπου σε δύο συνεχόμενα δωμάτια ήταν εγκατεστημένο το κεντρικό γραφείο διοικήσεως του Ανακτόρου. Στο Αρχείο βρέθηκαν χίλιες περίπου πήλινες πινακίδες, ολόκληρες ή αποσπασματικές, με κείμενα στην Γραμμική Β Γραφή, που είναι στην πλειονότητα τους συστηματικές λογιστικές καταστάσεις και εμπορικές καταγραφές του τελευταίου οικονομικού έτους στη ζωή του Ανακτόρου.
Εντελώς ανεξάρτητο από το Κεντρικό, είναι το Βορειοανατολικό Κτήριο που φαίνεται ότι συγκέντρωνε σημαντικές βιοτεχνικές δραστηριότητες. Αποτελείται από έξι δωμάτια με ένα Διάδρομο (95) και ένα Προστώο με κιονοστοιχία (94). Μπροστά του υπάρχει μικρή Αυλή (92) με ορθογώνιο βωμό. Από τα δωμάτια του Κτηρίου, ιδιαίτερο ενδιαφέρον έχουν το μικρό τετράγωνο δωμάτιο με ανοικτή πρόσοψη που αναγνωρίζεται ως Ιερό (93), η Αποθήκη (98), το Εργαστήριο (99), καθώς και η Οπλοθήκη (100) - αντίστοιχη προς αυτή του Νεωτέρου Καδμείου στη Θήβα - μέσα στην οποία βρέθηκαν εκατοντάδες μικρές χάλκινες αιχμές βελών. Από τον χώρο του Εργαστηρίου προέρχονται και % πήλινες ενεπίγραφες πινακίδες, πολλές από τις οποίες αναφέρονται σε επισκευές δερματίνων ή μεταλλίνων ειδών, σε προμήθειες χαλκού ή δερμάτων και σε εξαρτήματα αρμάτων, απεικονίσεις των οποίων δεν λείπουν και από τις τοιχογραφίες του Ανακτόρου. Με βάση επιγραφική μαρτυρία από το Κτήριο, είναι πιθανόν η Αποθήκη, το Εργαστήριο και το Οπλοστάσιο να βρίσκονταν κάτω από τη θεία προστασία της Πότνιας Ιππείας (Αθηνάς;).